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叶尔羌汗国和和硕特汗国分别在新疆地区和西藏地区，这两个蒙古人建立的汗国在新疆和西藏有着重要的地位。不过，这两个汗国都被准噶尔汗国击败，消散在历史的烟尘中。准噶尔汗国在新疆和中亚一带，并且是藏传佛教格鲁派达赖喇嘛的弟子，而且，准噶尔汗国贯穿于满清王朝中前期，成为我们最熟悉的蒙古汗国，不过，准噶尔汗国也被满清击败，在新疆北部只剩下了准噶尔盆地这个地理名称。在历史的浩瀚长河中，准噶尔汗国与清朝之间的较量犹如一场波澜壮阔的史诗巨著，其背后蕴含着政治、军事、经济、宗教、文化等诸多复杂因素的交织与碰撞。这场持续近百年的纷争深刻地改变了中亚和东亚的地缘政治格局，成为世界历史进程中浓墨重彩的一笔。 蒙古民族曾经在成吉思汗及其子孙的带领下，建立起横跨欧亚大陆的庞大帝国，其铁骑所至，令世界为之震颤。然而，岁月的车轮无情地滚滚向前，蒙古帝国在历史的演进中逐渐分崩离析。卫拉特蒙古这支有着独特历史渊源的蒙古分支，最初以狩猎、渔业为生，在贝加尔湖和叶尼塞河上游的森林中繁衍生息。他们与传统游牧的蒙古本部在生活方式上存在着显著差异，这种差异也在一定程度上影响了他们的发展轨迹。 在忽必烈与阿里不哥那场决定蒙古帝国命运的汗位争夺战中，卫拉特人站在了阿里不哥一方。可惜的是，他们最终未能如愿，随着阿里不哥的失败，卫拉特人也陷入了困境。但他们并未就此沉寂，此后又支持察合台汗的孙子海都，与元朝展开了长达多年的对抗。海都战败后，卫拉特人不得不面对现实，逐渐改变生活习惯，从森林迁移到杭爱山脉以西、唐努乌拉山脉以南的草原，开始了游牧生活。
在也先统治时期，卫拉特人迎来了短暂的辉煌，几乎掌控了整个蒙古。但也先的突然遇刺身亡，使卫拉特人再次陷入混乱，被达延汗击败后，各个部落被迫四散迁移。有的迁往河套、青海、哈密等地，有的则翻越阿尔泰山，来到哈萨克草原和额尔齐斯河中游一带。此时，辉特、纬罗斯、土尔扈特、杜尔伯特、巴尔虎和巴图特等部落成为较大的卫拉特部落，为了生存，他们结成联盟，共同抵御外部的威胁。后来，从科尔沁草原西迁的和硕特部也加入其中，并因其“黄金氏族”的血统被推举为盟长。 16 世纪晚期，蒙古地区的宗教格局发生了重大变化。土默特、喀尔喀等部改信黄教后，为了扩大黄教的影响力，展示黄教的威力，对卫拉特蒙古发动了频繁的战争。其中，喀尔喀人与卫拉特人之间的战争尤为激烈，双方你来我往，互有胜负。1620 年的那场战争，成为了卫拉特历史的一个转折点。维罗斯部首领不顾联盟其他部落的反对，贸然率领 4000 多人进攻喀尔喀，却被喀尔喀的 7000 人骑兵打得大败。喀尔喀人乘胜追击，深入卫拉特牧地，卫拉特各部纷纷溃败。在这场战争的冲击下，卫拉特各部的传统格局被彻底打乱，游牧界限也不复存在。
各部之间以及台吉之间开始陷入混乱的冲突之中。和硕特部在战争中逃往额尔齐斯河上游，进入土尔扈特部牧地。战后，土尔扈特部吞并了和硕特部的一个千户属民，引发了双方的混战。维罗斯部支持土尔扈特部，杜尔伯特部则站在和硕特部一边。这场纷争使得土尔扈特部与和硕特、杜尔伯特之间结下了深深的仇怨，最终导致土尔扈特部决定远走他乡。1628 年，土尔扈特部长赫鄂尔鲁克向卫拉特联盟推选的新任大汗图鲁拜琥，也就是固始汗说明了出走的原因，随后带领五万户属民离开故土，踏上了前往西方的征程，最终在伏尔加河下游定居下来，也就是如今俄罗斯联邦卡尔梅克共和国的所在地。 土尔扈特部的离去并没有让卫拉特人停止前进的脚步。固始汗召集各部台吉商议联盟的前途，他们意识到，现有的居住地区被俄国、哈萨克和蒙古本部这三股强大势力所包围，发展空间极为有限。于是，他们决定南下，进攻由察合台汗国后裔统治的诸小国，将牧地转移到天山以北、斋桑泊以南、巴尔喀什湖以东的地区。1629 年，卫拉特人离开额尔齐斯河中游，向天山以北地区发动进攻，并迅速消灭了当地的察合台后裔势力，成功占据了这片广阔的土地。此时，卫拉特四部形成了新的分布格局：杜尔伯特部居住在最北边的额尔齐斯河中游；和硕特部以伊犁和塔尔巴哈台为中心，分布在北至额尔齐斯河上游、西至巴尔喀什湖、东至乌鲁木齐、南至天山的地域；维罗斯部即后来的准噶尔部居住在和硕特部东边，北至额尔齐斯河左岸，东至阿尔泰山，南至准噶尔盆地；辉特部居住在裕勒都斯河流域，今新疆南部巴音郭楞蒙古族自治州一带。
卫拉特人的这一系列行动引起了西藏和喀尔喀僧俗领袖的关注。当时，西藏和青海地区的格鲁派与噶玛噶举派正为争夺宗教领导权而陷入严重对立。格鲁派的重要人物四世班禅看到了卫拉特四部的力量，决定向他们求援。1635 年春天，固始汗乔装成香客来到拉萨，与达赖和班禅举行了秘密会谈，共同制订了出兵青藏的行动计划。1636 年，固始汗带领和硕特部的军队出兵占领了青海地区，随后又在 1638 至 1642 年期间，先后出兵康区、卫（前藏）和藏（后藏）。1642 年，他们成功攻克拉萨城，推翻了信奉噶玛噶举派的藏巴汗。固始汗在青海和西藏建立了政教一体的和硕特政权后，自己和两个儿子坐镇西藏，在拉萨以北的达木地区长期驻扎重兵，同时派另外八个儿子驻牧于青海，以青海为统治基地，并以康区的赋税收入来供养青海的部众。他将卫藏地区的十三万户军民、大量金银财宝献给了年轻的五世达赖喇嘛，把他从日喀则接到藏巴汗的都城拉萨，让其入住布达拉宫，还下令全藏的噶玛噶举派寺庙改信格鲁派，从而确立了黄教在西藏的统治地位。固始汗以卫、藏地区的收入供养达赖、班禅和格鲁派众寺院，同时设立了名为“第巴”的最高行政官员。
但实际上，西藏的所有行政官员都由固始汗亲自任命，因此，西藏地区的政教合一政权本质上是卫拉特和硕特部的政权。 然而，此时的卫拉特人仍面临着来自喀尔喀蒙古的威胁。1636 年初夏，喀尔喀领袖（洪台吉）俄布木额尔德尼集中优势兵力，对卫拉特发动进攻。固始汗不得不从拉萨赶回本土，组织卫拉特各部全力阻击。但俄布木额尔德尼的军队实力强大，包围并打败了卫拉特联军。卫拉特人在无奈之下，只好答应向俄布木额尔德尼称臣纳贡。辉特部领袖赛音吉雅不甘心遭受这样的耻辱，于是策划了一个大胆的行动。他精选了 5000 名勇士和 2500 头骆驼，在每头骆驼所驮的鹿袋里藏有两名武士，然后伪装成向俄布木额尔德尼进贡的队伍，来到了他的大本营。当武士们从鹿袋中突然跃出时，俄布木额尔德尼的军队毫无防备，经过一番激烈格斗，赛音吉雅的武士们成功擒住了俄布木额尔德尼，并将他带回了卫拉特本土。在卫拉特诸台吉的强大压力下，俄布木额尔德尼不得不发誓保证再也不进攻卫拉特。 就在这时，漠南蒙古向后金臣服的消息传来，同时后金使臣也来到喀尔喀，要求喀尔喀各部不得与明朝通商、通使。这一巨大的变化以及后金，此时已改国号为大清的强大威势，让喀尔喀三汗，车臣汗、土谢图汗、札萨克图汗意识到必须加强团结，以抵御清朝的入侵。
札萨克图汗以及一些黄教上层僧侣认为，仅凭喀尔喀三部自身的力量难以保证安全，必须与卫拉特人联手。这个倡议得到了喀尔喀和卫拉特各部的支持。1640 年，蒙古境内当时还独立的 44 个汗、洪台吉、台吉、济农，来自漠南蒙古的章嘉呼图克图活佛、以及哲布尊丹巴活佛的使者在塔尔巴哈台地区举行了全体盟会，制订了《喀尔喀 – 卫拉特法典》。这部法典规定喀尔喀和卫拉特互相联合，统一对敌，不得互相侵扰。同时，它还对战俘、逃人、移民、偷盗、杀人、债务等纠纷的处理方式作出了详细规定，特别强调在非战争状态下不得随意侵犯平民，平民若犯法，只准处以财产刑，基本上废除了对平民的死刑。此外，法典对畜牧、狩猎、婚姻、家庭、道德风尚、行医等生活领域的内容也进行了规范，并规定黄教是喀尔喀和卫拉特共同尊奉的宗教，喇嘛神圣不可侵犯，免除任何徭役和赋税。 在喀尔喀 – 卫拉特联盟形成后的三十多年间，两大蒙古支派之间没有发生严重的冲突。与此同时，清朝在 1644 年从关外入主中原，迅速占领了明朝的大片土地。定都北京的满清朝廷在初期对已取得的战果感到满足，无意再向外扩张领土。对于漠北的喀尔喀蒙古，只要求其继续向清朝缴纳“九白之贡”，八匹白马、一头白骆驼，喀尔喀对后金的这种朝贡始于 1638 年。
1646 年，漠南蒙古苏尼特部的领袖背叛清朝，率部逃入喀尔喀的车臣汗部。清朝任命豫亲王多译为扬威大将军，率领数万大军出征喀尔喀，一方面要求索回苏尼特部逃人，另一方面则要求喀尔喀三汗补交数年以来缺欠的“九白之贡”。土谢图汗依据《法典》的精神，带领三万大军支援车臣汗，但最终被打败。经札萨克图汗的斡旋，多择同意撤军。 1653 年，卫拉特纬罗斯部的洪台吉巴图尔去世，继之而立的僧格在 1670 年被其同父异母兄弟暗杀。巴图尔的遗孀立即派人前往西藏，让巴图尔的幼子噶尔丹还俗归乡，继承维罗斯部洪台吉之位。噶尔丹出生于 1644 年，也就是大明帝国灭亡的那一年。传说他出生时，阿尔泰山顶上出现了五色祥瑞之光，这一神奇的现象让他的父亲巴图尔欣喜若狂，认为这个孩子必定非同寻常。不久之后，西藏高僧来到维罗斯，认定噶尔丹是当年应达赖派遣前往卫拉特向四部求援的咱巴呼图克图的转世灵童。
于是，噶尔丹被带到西藏，师从四世班禅和五世达赖学习佛法。 当来自维罗斯的人在拉萨找到噶尔丹时，他已经成长为一个 26 岁的壮年男子。他答应了母亲的请求，向师傅五世达赖喇嘛罗桑嘉措和西藏执政官桑结嘉措辞行，并获得了两人的许可。达赖喇嘛还授予他“丹津博硕克图”的头衔。噶尔丹回到家乡后，顺利继位成为洪台吉。 固始汗征服青藏并在西藏定居后，卫拉特大汗之位空缺了十年，直到 1646 年，和硕特部的鄂齐尔图车臣汗才被推举为新的卫拉特大汗。噶尔丹即位后，展现出了强烈的野心和统治欲望，他不断要求卫拉特各部归顺自己。先后招纳了杜尔伯特部的阿勒达尔台吉、和硕特部的丹津洪台吉、土尔扈特部的衮布台吉等人。他的这一行为违反了《喀尔喀 – 卫拉特法典》中的规定，引起了鄂齐尔图车臣汗的不满。1675 年，鄂齐尔图车臣汗以卫拉特盟主的身份起兵讨伐噶尔丹，但最终被击败，于 1676 年初冬向噶尔丹投降。噶尔丹此时已控制了卫拉特本土全境，他宣布取消过去那种松散的、各自为政的卫拉特联盟，废除洪台吉、台吉、济农、克什太师等头衔，将卫拉特各部的权力完全集中在自己手中，从而完成了从部落联盟向国家政权的过渡。
1678 年，五世达赖喇嘛向噶尔丹赠送了“博硕克图汗”的称号，噶尔丹在准噶尔地区举行了隆重的庆祝大典，准噶尔帝国正式诞生。 五世达赖和桑结嘉措一直密切关注着准噶尔的动向。他们在向噶尔丹派去使臣的同时，还秘密建议他出兵攻打青海和西藏，推翻统治两地的和硕特政权。噶尔丹收到这个秘密请求后，于 1678 年冬天出兵攻打青海。青海地区以及肃、甘、凉三州属于清朝甘肃省的和硕特部落闻讯后，纷纷退入甘肃大草滩，这一情况引起了清朝的警觉。康熙帝命令守边将军张勇密切观察青海局势，必要时向和硕特部提供援助。此时，喀尔喀的土谢图汗也准备趁准噶尔兵力空虚的时候出兵进攻。噶尔丹得知这一消息后，为了避免与清朝和喀尔喀发生正面冲突，在发兵半个月之后就下令班师。 1679 年，噶尔丹以辉特部为先锋，攻占了察合台汗后裔统治的吐鲁番和哈密两个小国。1681 年，准噶尔大军越过天山，攻入畏兀尔人居住的南疆地区，库车、阿克苏、喀什噶尔、叶尔羌、和阗等城池的诸汗望风而降，噶尔丹将他们集中到首都伊犁城软禁居住。1683 年，准噶尔军队又绕过天山北麓，渡过碎叶川，今名楚河，征服了安集延一带的东、西布鲁特也就是喀喇吉尔吉斯，今吉尔吉斯斯坦。翌年，噶尔丹发动第二次西征，征服了今日乌兹别克斯坦东部的浩罕、纳曼干、马尔格兰、塔什干等城。1685 年，噶尔丹第三次西征时占领了布哈拉、撒马尔罕，其军队一直打到里海西岸。
在 17 世纪中叶，喀尔喀蒙古的老一代统治者——也是喀尔喀 – 卫拉特联盟精神的贯彻者——土谢图汗衮布、车臣汗硕垒、札萨克图汗素巴第相继去世，他们的儿子察珲多尔济、巴布和诺尔布分别继承了这三个汗部的汗位。在清朝的压力下，他们恢复了对康熙帝的“九白之贡”，清朝则赠予喀尔喀各汗、活佛和台吉以“札萨克”的头衔，一共八名札萨克，左右翼各四。不过，此时喀尔喀蒙古尚未臣服清朝，清朝也没有能力干涉喀尔喀的内部事务。 1662 年，札萨克图汗诺尔布去世，他的儿子旺舒克继承汗位；同年，同属喀尔喀右翼的和托辉特部首领俄布木额尔德尼去世，其子罗不藏继承洪台吉之位。罗不藏性格骄傲蛮横，与旺舒克发生争斗，并在 1662 年底领兵杀害了旺舒克，导致喀尔喀右翼陷入大乱。大量右翼喀尔喀属民逃亡到左翼的土谢图汗部，罗不藏的叔父伊勒为了避难，甚至率部一直逃到漠南蒙古，成为昭乌达盟喀尔喀左翼一旗的祖先。罗不藏后来被左翼土谢图汗和三音诺颜部击败，逃至叶尼塞河上游的克穆齐克河，在唐努乌梁海境内，准备借助俄国的兵力反扑，但后来与准噶尔发生冲突，成为俘虏。 喀尔喀右翼发生内乱时，人畜大多流入左翼，因此动乱平定之后，新任札萨克图汗成衮要求土谢图汗察珲多尔济归还人畜，但察珲多尔济态度蛮横，拒不归还。成衮先是在 1676 年派使者前往北京，希望清朝皇帝调解，但康熙帝此时正忙于平定三藩之乱，无暇北顾。成衮随后向达赖求援，达赖在 1678 年派人赐予噶尔丹“博硕克图汗”封号时，要求使臣在典礼结束之后前往喀尔喀，帮助调停。
但土谢图汗拒绝接受达赖使者的建议，仍旧拒绝归还逃人逃畜。札萨克图汗先后求助于清朝皇帝和达赖喇嘛，都没有取得效果，因此只好寻求其他强有力的盟友。正好 1677 年土谢图汗劫持了前往北京的一个准噶尔使团，与准噶尔结下了怨仇，所以当札萨克图汗的使臣来到准噶尔，要求双方结盟时，噶尔丹欣然同意。 1682 年，清朝平定三藩之役已接近尾声，康熙帝开始关注喀尔喀右翼与准噶尔的结盟问题。他决定向喀尔喀和准噶尔派遣有贤能的大臣，争取让这两部分蒙古人归服于清朝，同时派出大臣调解喀尔喀左右两翼的争端，避免噶尔丹借机从中渔利。当年夏天，清朝向喀尔喀左右翼八个札萨克以及准噶尔派出了 10 个使团，试图笼络对方归附。 就在这一年，拉萨布达拉宫中就在这一年，拉萨布达拉宫中发生了一件极为隐秘的大事，五世达赖在当年二月二十五日突然离世。然而，担任第巴的桑结嘉措出于种种复杂的考虑，决定秘不发丧。对外宣称达赖已经“长期入定”，除了他自己之外，不许任何人见到达赖。并且，所有与外界往来的信件、公告、文件等依旧以达赖的名义签署。
如此一来，噶尔丹、康熙帝以及西藏上层的众多官员僧侣都被蒙在鼓里，全然不知达赖已经去世的消息。 1687 年，清朝向达赖派出使臣，恳请他出面主持喀尔喀左右两翼会盟之事。到了冬天，那位“达赖喇嘛”果然派出了使臣，在位于外蒙古三音诺颜部的库伦伯勒齐尔与喀尔喀七札萨克，土谢图汗并未出席、各部台吉、活佛以及清朝理藩院特使举行会议。但这场会盟并未如预期般顺利，反而在礼仪方面引发了一场轩然大波。清朝理藩院尚书阿尔尼为了提升哲布尊丹巴活佛土谢图汗之弟的地位，特意安排他与达赖的使者额尔德尼达赖西勒图活佛并坐一席。远在准噶尔的噶尔丹得知此事后，顿时怒不可遏，即刻写信质问清朝，同时又措辞严厉地谴责哲布尊丹巴，其言语间尽显无礼。而这，实则为他出兵喀尔喀寻找到了一个看似合理的借口。随后，噶尔丹便与札萨克图汗迅速发誓结盟。噶尔丹将其主力部队从阿尔泰山南麓转移至靠近喀尔喀的科布多地方，同时向喀尔喀左翼各部派遣了一千多名喇嘛，打着“佛事活动”的幌子，暗中搜集各部的军事、经济情报，一场大战的阴云已然笼罩在喀尔喀的上空。
1688 年正月，土谢图汗率先发难，发兵杀死了札萨克图汗，以及前往札萨克图汗部进行联络的噶尔丹之弟多尔济扎布。清朝得知此事后，忧心忡忡，深恐这会成为噶尔丹大规模入侵喀尔喀的导火索，于是急忙要求土谢图汗罢兵休战。与此同时，桑结嘉措假借“达赖喇嘛”的名义派来的另一拨使臣抵达了噶尔丹的营地，带来了最新的达赖“谕旨”，要求准噶尔方面也暂且退兵，准备进行“会盟”。但实际上，桑结嘉措的真正算盘是想让噶尔丹以“反击土谢图汗的挑衅”为借口，占领整个喀尔喀地区，进而建立起一个由噶尔丹直接统治，而他自己则在拉萨通过黄教僧侣进行遥控的“蒙古大帝国”。 当年五月中旬，噶尔丹果然率领三万大军浩浩荡荡地离开科布多，如汹涌的潮水般涌入喀尔喀境内。土谢图汗察珲多尔济在六月初得知准噶尔军队东侵的消息后，心急如焚，立刻派人前往额尔德尼召，请求其弟哲布尊丹巴活佛火速调遣军队前来增援。哲布尊丹巴不敢有丝毫懈怠，迅速从色楞格河调来了五千人，交由察珲多尔济之子噶尔丹多尔济率领，多尔济在藏语中意为“金刚”，在皈依黄教之后的蒙古地区是一个极为常见的人名后缀。这支军队与三音诺颜部部长丹津喇嘛之孙率领的五千人成功会师后，马不停蹄地前去增援。然而，当这一万多人的军队行至特莫尔地方时，却突然遭遇了噶尔丹的军队，一场惨烈的激战瞬间爆发。
由于双方兵力悬殊，力量对比达到了三比一，土谢图汗的军队尽管拼死抵抗，但还是很快败下阵来。噶尔丹多尔济见势不妙，带领着仅存的三百多人仓皇逃往翁吉河。噶尔丹在审讯战俘时，得知哲布尊丹巴正在额尔德尼召，于是立即派属下丹津鄂布木率领七千多人前去捉拿。而他自己则带着剩下的准噶尔主力部队，气势汹汹地朝着克鲁伦河进发，准备攻打车臣汗部。 哲布尊丹巴活佛得知准噶尔军队来犯的消息后，深知形势危急，当机立断，带着土谢图汗的妻子儿女、喇嘛、家丁等三百多人，趁着夜色掩护，向东逃入车臣汗部。丹津鄂布木率领军队抵达额尔德尼召后，四处搜寻却始终未能找到哲布尊丹巴的踪迹，恼羞成怒之下，竟然下令焚烧庙宇和经卷，以此来发泄心中的怨恨。此时的喀尔喀，已经有两百多年未曾经历过如此大规模的战乱，在得知准噶尔军队进攻车臣汗的消息后，整个部落顿时陷入了一片恐慌。各部族纷纷抛弃了帐篷、羊群、牛马、骆驼等财产，如同惊弓之鸟一般，不顾一切地向南逃窜。
哲布尊丹巴试图劝阻这些惊慌失措的蒙古人，将他们组织起来共同援助察珲多尔济，但此时的人们早已被恐惧笼罩了心智，根本无法听从他的劝阻。无奈之下，哲布尊丹巴也只好跟随难民的队伍，艰难地穿越戈壁大漠，前往漠南蒙古寻求避难之所。在内外蒙古的边界上，负责防守边界的清军各卡伦哨所军士们面对如潮水般涌来的外蒙古难民，尽管奋力阻拦，但却无法阻挡这汹涌的人潮。外蒙古的难民们纷纷涌入漠南蒙古锡林郭勒盟的苏尼特、乌珠穆沁等旗境内。 当哲布尊丹巴抵达边界后，清军将士迅速将他护送至安全之地，并把噶尔丹的来信和清朝的态度向他详细说明。哲布尊丹巴听闻之后，对康熙帝的救命之恩感激涕零，激动地说道：“我全靠天朝得以幸存，如今承蒙如此深厚的洪恩，实在是无以为报，唯有每日旦夕为皇上诵经祈福，以表我对皇上的感恩之情。” 当年八月三日，噶尔丹的主力部队在土拉河，今蒙古国中部流经乌兰巴托市的图勒河一带与察珲多尔济狭路相逢，一场惊心动魄的激战随即展开。双方你来我往，互不相让，激战整整持续了三日，却依然难分胜负。到了第三日晚上，噶尔丹使出了突袭的战术，准噶尔军队如鬼魅般突袭喀尔喀兵营。毫无防备的喀尔喀军队顿时陷入了一片混乱，士兵们四处奔逃，将领们也无法有效地组织起抵抗。天亮之后，察珲多尔济竭尽全力，才勉强收拢了部分属下。随后，他带着这些残兵败将，艰难地穿过戈壁，进入苏尼特旗境内避难。
1688 年九月，喀尔喀三汗、札萨克、亲王、洪台吉和台吉等众多部落首领在苏尼特旗的阿鲁额勒苏台召开了一场极为重要的会议，共同商讨部落的前途命运。当时，俄国向西伯利亚和远东地区扩张已有半个多世纪的历史，喀尔喀蒙古人在与俄国人的接触中，深切地见识到了俄国人火器的强大威力，以及俄国哥萨克作战的勇猛凶悍。因此，在会议上，有的王公提出归附俄罗斯，向其寻求庇护的建议；而另一些王公则坚决主张归附清朝。双方各执一词，争论得面红耳赤，互不相让。无奈之下，众人只好请哲布尊丹巴活佛进行裁决。哲布尊丹巴活佛沉思片刻后，缓缓说道：“俄罗斯不信奉佛教，其风俗与我们大相径庭，他们穿着奇形怪状的衣服，行为举止也与我们格格不入。而大清与我们同属一个民族，并且清朝也信奉佛教，清朝的服装飘逸潇洒，宛如仙人所穿。衣服如此美观，其人心必定存有仁爱。而且大清繁华富庶，拥有取之不尽的财宝，锦绣绸缎更是数不胜数。倘若我们依靠大清，未来的生活必定会幸福愉快。”
在外蒙古境内，噶尔丹在行军途中意外地遇到了前往色楞格斯克参加中俄边界会谈的清朝索额图使团。他立即抓住这个机会，要求使团带信给康熙帝，信中狂妄地写道：“如果哲布尊丹巴投奔皇上，或拒之不纳，或者将他捉来送给我。”清朝使臣不敢有丝毫耽搁，迅速将此信带回北京。康熙帝得知此事后，立即召集议政大臣进行商议，讨论如何妥善处理喀尔喀危机。众大臣经过一番深思熟虑后，一致认为，如果清朝拒绝收纳喀尔喀逃人，那么哲布尊丹巴将无路可走，势必会向噶尔丹投降。如此一来，外蒙古广大地区将会落入准噶尔的手中，这对于清朝的边疆安全将是一个巨大的威胁。于是，康熙帝果断下令派使者前往苏尼特等旗，向喀尔喀民众发放粮食进行救济，同时想尽办法安抚他们的情绪，稳定局势。 阿鲁额勒苏台会议之后，居住在喀尔喀最北方的一些台吉在权衡利弊之后，最终选择归附俄国。他们所居住的领地，后来逐渐发展成为布里亚特蒙古。而绝大部分喀尔喀王公台吉则听从了哲布尊丹巴活佛的建议，毅然决定投靠清朝，并联名向康熙帝递交了表示臣服的表章。 噶尔丹打败喀尔喀后，志得意满，回到科布多地区开始整顿部队，补充军需物资。然而，此时他的后方却突然出现了变故。被他囚禁在伊犁的两个南疆回部苏丹趁机发动叛乱，企图推翻噶尔丹的统治。噶尔丹得知消息后，迅速派兵进行镇压，叛乱虽然很快被平定，但占卜的喇嘛却声称噶尔丹的两个侄子僧格汗之子索诺木阿拉布坦和策妄阿拉布坦是这场叛乱背后的主谋者。噶尔丹轻信了喇嘛的谗言，盛怒之下处死了索诺木阿拉布坦。策妄阿拉布坦见势不妙，为了保住性命，率领五千人逃离科布多大本营，来到吐鲁番地区。
在那里，他积极招兵买马，扩充实力，随后回师占领了准噶尔本部，与噶尔丹隔阿尔泰山形成对峙之势。噶尔丹失去了来自准噶尔的财赋和兵源支持，处境顿时变得极为艰难。为了摆脱困境，他决定孤注一掷，对喀尔喀发动第二次进攻，试图通过掠夺资源来改善自己的处境。 1686 年，俄国与清朝谈判边界问题的代表戈洛文离开莫斯科，前往贝加尔湖东岸的色楞格斯克，准备与清朝索额图使团进行会谈。但由于准噶尔与喀尔喀之间突然爆发战争，清朝使团被紧急召回北京。俄国使团见此情形，便就地驻扎下来，并开始着手将色楞格斯克所在的东布里亚特地区变为俄国的土地。戈洛文亲自率领部队攻打色楞格河下游原来臣属于土谢图汗的一些台吉，通过武力逼迫他们归顺沙皇。这些台吉在强大的军事压力下，顾虑到牧地的安全，不得不同意向沙皇称臣纳贡。1689 年，噶尔丹率领的大军抵达色楞格河下游地区，要求当地喀尔喀众台吉归顺准噶尔汗国。这一举动引起了俄国人的强烈不满，双方顿时发生冲突。与此同时，策妄阿拉布坦趁噶尔丹东征的机会，暗中潜入科布多大本营，将那里的牲畜、粮食和牧民全部劫掠一空，运往准噶尔。噶尔丹得知后方被袭的消息后，大惊失色，被迫班师赶回科布多。 此时，康熙帝敏锐地察觉到准噶尔 – 喀尔喀战争形势的变化，意识到之前委托进行调停的“达赖喇嘛”所采取的行动与自己消弭准噶尔和喀尔喀之间矛盾的策略始终无法协调一致，甚至常常产生相反的效果。“达赖”使者在处理争端时，竟然多次附和噶尔丹的无理主张，甚至要求康熙帝交出土谢图汗与哲布尊丹巴活佛。康熙帝心中不禁产生怀疑，感觉达赖或许是被周围的人所蒙蔽。在这种情况下，指望他使喀尔喀和准噶尔会盟议和已经成为不可能的事情。而此时喀尔喀诸汗已决定内附大清，从法理上讲，他们已经成为清朝的臣属。因此，康熙帝得以名正言顺地直接插手干涉喀尔喀事务。
此外，中俄签订《尼布楚条约》后，俄国承诺不与准噶尔结盟；而策妄阿拉布坦的反叛也极大地削弱了噶尔丹的力量。以上种种形势的变化，都对清朝极为有利。于是，康熙帝果断改变了以前对噶尔丹的政策，决定积极备战，出兵征讨噶尔丹，以彻底消除这个威胁清朝安全的隐患。 清朝理藩院尚书阿尔尼在得知噶尔丹发动第二次东征的消息后，迅速做出反应。于 1690 年一月率领两万人从洮儿河出发，沿着喀尔喀河右岸一路疾行，抵达贝尔湖。然而，在那里却没有发现噶尔丹军队的踪迹。阿尔尼不敢有丝毫懈怠，继续沿着喀尔喀河南下，于六月二十一日抵达索岳尔济山，今蒙古国最东端。在山麓下的乌尔会河，他们终于与噶尔丹的主力部队相遇。久经沙场的准噶尔人早有防备，已经布置好了环形的营地，严阵以待。当清军出现时，准噶尔骑兵迅速行动起来，分为两翼夹击清军及随行的喀尔喀部队，同时在正面以小股部队迎战清军。阿尔尼派出的第一梯队 200 人很快就被准噶尔人强大的攻势打垮，第二梯队见状急忙上前支援，但也被准噶尔人用火枪和长矛击退。清军及喀尔喀兵不甘心失败，再次组织进击，但却遭到了准噶尔人的猛烈反击，死伤惨重。此时，准噶尔主力部队从山上冲下来，如潮水般分成两翼包围了清军。清军在准噶尔骑兵的勇猛进攻下，渐渐难以支撑，死伤不计其数，无奈之下只好突围逃生。 乌尔会战役的惨败让康熙帝震怒不已，他认为阿尔尼以及兵部尚书纪尔塔布在这场战役中指挥不力，负有不可推卸的责任，于是将他们连降四级。同时，康熙帝意识到问题的严重性，在当年六月下旬，迅速从京师八旗、盛京将军及内蒙古各札萨克等处征调了十万大军，决心全力以赴应对噶尔丹的威胁。他任命皇兄裕亲王福全为抚远大将军，率领左路军出古北口；皇弟恭亲王常宁为安北大将军，率领右路军出喜峰口。为了确保作战计划的顺利实施，康熙命令两路军队出长城后，全部在巴林旗境内待命，不得擅自投入作战，务必等待合适的时机再发起进攻。 在得知清军的大规模调动后，噶尔丹也不敢掉以轻心。
他留下不能从征的老弱病残，带领剩下的全部精锐兵马计两万多人，离开科布多大本营，发动了第三次东征。在土谢图汗部境内，噶尔丹将部队分为两路，一路前往乌尔扎河，他自己则率领另一路直奔鄂嫩河上游，意图征服当地喀尔喀各台吉，然后南下在乌尔扎河上游的巴彦乌兰山与另一路会师。五月下旬，准噶尔军队顺利渡过克鲁伦河，直扑呼伦贝尔草原，六月初沿着贝尔湖东岸抵达喀尔喀河，即今日中蒙边界的哈勒哈河，并于六月十三日进入内蒙古境内的乌珠穆沁地区。 乌尔会战役失败后，噶尔丹为了预防清军的突然袭击，向后退回五日的行程，准备返回科布多。但随军的“达赖喇嘛使者”济隆活佛却坚决反对他的这一决定，强烈要求他继续南进。噶尔丹无奈之下，只好在七月初下令离开乌珠穆沁旗的营地，翻越兴安岭，在七月二十五日抵达克什克腾旗境内驻营。与此同时，康熙帝在七月初也命令在巴林旗内休整的清军拔营出发，迎战噶尔丹。七月二十日，清军抵达克什克腾旗的土尔埂伊扎尔，即后来赫赫有名的木兰围场，就地扎营，营区长达六十里、宽达二十里，规模宏大，气势非凡。
七月二十九日，噶尔丹部队抵达乌兰布通山，并在山上扎营。这座山树林茂密，山势险要，东西两侧则是平坦的沼泽地，地形复杂，易守难攻。八月一日中午，裕亲王福全统帅的左右两路清军也抵达乌布通，随即展开部署，以火器向山上的噶尔丹营地猛烈轰击。准噶尔军队在山上构筑了一种奇特的防御工事——“驼城”。他们把骆驼的四腿绑住，使其卧倒在地，然后在骆驼背上堆上木箱和用水湿透了的毛毯，士兵们则躲在驼峰和木箱的间隙向外射击。这种战术在以往的战斗中曾经有效地抵挡过骑兵的冲击，但在拥有先进铜炮和霰弹枪的清军面前，却显得不堪一击。清军的火炮猛烈轰击着噶尔丹的营地，骆驼在炮火的洗礼下死伤惨重，驼城也纷纷坍塌，出现了多处缺口。清军左路见势不妙，立即向乌兰布通山上发动冲锋，迅速攻破了驼城，与准噶尔兵展开了激烈的短兵相接。战斗异常惨烈，双方都付出了惨重的代价，清军伤亡惨重，福全见状，只好下令左路部队退回山下。 第二天，清军继续以火炮轰击驼城，并且拼死攻山，但准噶尔军队的抵抗也非常顽强，双方陷入了僵持不下的局面。噶尔丹心中明白，如果继续这样下去，兵力有限的准噶尔军队最终将会被兵力是自己五倍的清军消耗殆尽。
于是，在当晚他派济隆活佛秘密下山，向福全恳求道：“博硕克图汗即噶尔丹听信佞臣之言，深入边内，部下无知，掠夺人畜。大清圣上是一统宇宙之主，博硕克图汗不过是小部落的头目，圣上何必与他计较？这次出兵本来是为了抓到土谢图汗和哲布尊丹巴，如今他也不再索要土谢图汗了，希望大将军网开一面，让准噶尔军队下山，寻找有水草之地，等待大清圣上的公正裁断。”福全被济隆活佛的这番言辞所打动，心中犹豫起来，最终下令网开一面，在当天傍晚放噶尔丹人马及辎重下山，听任听任他们向西逃去。乌兰布通战役之后，噶尔丹马不停蹄地向北逃亡，在路过克什克腾旗时，竟丧心病狂地掠走了该旗的两万多头牛羊，为了防止清军追赶，还纵火焚烧了身后的草原，妄图以此来阻碍清军的追击步伐。裕亲王福全在得知噶尔丹逃脱的消息后，懊悔不已，立即派出轻骑奋力追赶，然而，噶尔丹的部队行动迅速，清军最终还是未能追上。 噶尔丹逃到喀尔喀河流域后，立即召集部下紧急商议前途。会上，众人各抒己见，有人建议返回科布多，凭借熟悉的地形和原有的根基进行坚守；然而，大多数准噶尔贵族却认为，眼下人畜损失惨重，部队疲惫不堪，根本经不起长途跋涉，如果强行返回科布多，途中可能会遭遇更多的困难和危险，倒不如前往鄂嫩河过冬，在那里休养生息，恢复元气。经过一番激烈的讨论，噶尔丹最终采纳了多数人的意见。
当年九月，噶尔丹及其军队历经艰难险阻，终于抵达鄂嫩河流域。此时，他们所面临的困境超乎想象，随队携带的牛羊早已被饥饿的士兵们吃光，人员也因饥饿、疾病而大量死亡，准噶尔军队的困顿之状惨不忍睹，士气也极为低落。 1691 年二月，策妄阿拉布坦趁噶尔丹势力衰弱之际，再次发兵袭击了科布多大本营，用武力裹挟了那里的留守人员和所有财物、牛马，这对于本就处境艰难的噶尔丹来说，无疑是雪上加霜。在这生死存亡的关键时刻，西藏的第巴桑结嘉措再次伸出援手，他假借“达赖喇嘛”的名义，命令青海和硕特各部向噶尔丹送去急需的粮食和牲畜，在一定程度上缓解了噶尔丹的困顿处境，使其军队得以勉强维持。同时，桑结嘉措还假冒达赖喇嘛之名，册封策妄阿拉布坦为阿尔泰山以西之准噶尔大汗，噶尔丹为阿尔泰山以东之准噶尔大汗，试图以此来调解叔侄两人的矛盾，促使他们和好如初，并联合西藏和青海的地方势力，共同对抗大清。然而，此时的噶尔丹与策妄阿拉布坦之间的嫌隙已深，这种册封并未真正起到团结的作用。 1695 年春天，桑结嘉措的使者再次来到科布多，带来了“达赖喇嘛”新的“旨意”：“南征（清朝）大吉也。”在宗教的蛊惑和自身野心的驱使下，噶尔丹不顾自身的困境，在当年五月再度组织了两万多人的军队，毅然决然地深入喀尔喀境内，在当年暮秋抵达克鲁伦河源头的巴彦乌兰，并将此地作为越冬大本营。同时，他还向漠南蒙古派出了巡逻队，与早年间潜伏在当地、刺探内蒙古政治军事情报的喇嘛接头，企图进一步收集情报，为后续的军事行动做准备。康熙帝在得知噶尔丹再度东犯以及内蒙古潜伏有对方间谍的消息后，高度警惕，立即下令对京师、张家口、呼和浩特等地的喇嘛进行彻底筛查。经过一番严密的调查，果然查出了许多由桑结嘉措派来的间谍。康熙深知这些间谍的危害，对于危害最大者果断下令处死，其余的喇嘛则悉数送往盛京圈禁，以绝后患。 1696 年二月，康熙抓住冬季草枯马疲、噶尔丹军队补给困难的有利时机，精心组织了三路十多万大军出征克鲁伦河，决心一举消灭噶尔丹这个心腹大患。为了确保战役的胜利，避免重蹈乌兰布通战役纵虎归山的覆辙，康熙决定亲自出征，亲自指挥中路大军四万多人。这其中包括京师、盛京、宁古塔、黑龙江等地的满洲八旗兵和汉军绿营兵，他们从北京出发，浩浩荡荡地从独石口和古北口出长城，直趋克鲁伦河。安北大将军费扬古指挥西路军队五万多人，主要由右翼察哈尔、土默特、鄂尔多斯等部蒙古骑兵组成，
他们从呼和浩特出发，开赴土拉河。
同时，陕西、甘肃的满洲八旗和汉军绿营部队自甘州（张掖）、肃州（酒泉）一路西进，然后转北进入额尔济纳，从戈壁滩西部进入喀尔喀，在土拉河与费扬古部队会师，形成对噶尔丹的包围之势，彻底切断他的退路。东路则以黑龙江将军、宁古塔将军和盛京将军率领的满洲八旗兵为主力，加上科尔沁、乌珠穆沁、扎鲁、苏尼特、巴林、克什克腾、奈曼、敖汉等旗的蒙古兵，集结于索岳尔济山、喀尔喀河和克鲁伦河下游一带，严密阻止噶尔丹东蹿，对其形成全方位的堵截。1696 年五月，西路清军先头部队一万多人克服了重重困难，成功穿过了几千公里的沙漠，率先抵达土拉河流域。他们在肯特山以南、柏格达山以东、土拉河以北的昭木多扎营。这里地势险要，是明成祖击破阿鲁台的旧战场，距离后来成为蒙古首都的库伦乌兰巴托也不远。五月七日，噶尔丹离开巴彦乌兰，沿着克鲁伦河溯流而上，来到土拉河的特勒尔济。五月十二日，噶尔丹的军队与清军西路大军在这里不期而遇，双方立刻展开了一场激烈的激战。昭木多三面环河，周围林木茂盛，这种地形对于骑兵作战极为不利，因此双方都纷纷下马，展开了激烈的步战。清军装备精良，士兵们身穿棉甲，配备有先进的火枪鸟铳，还有威力强大的火炮，在火力上占据着明显的优势。准噶尔军试图对清军设营的昭乌木小山发动冲锋，然而却被清军的火炮击退，在冲锋过程中死伤惨重。此时，在山顶观战的费扬古用望远镜观察到噶尔丹军队后方有大队辎重和家属，他敏锐地意识到这是一个绝佳的战机，于是立即命令汉军绿营兵用火力掩护，察哈尔蒙古兵则趁机袭击其后方。这一突然袭击让噶尔丹后方顿时大乱，妇女和小孩的哭声震天，严重影响了准噶尔士兵的战斗意志，使其阵脚大乱。
清军趁机发动总攻，噶尔丹的军队在清军的强大攻势下彻底崩溃。五十多名卫士拼死掩护噶尔丹逃离战场，他们带着噶尔丹躲入山林，而其余的准噶尔士兵则纷纷四散逃命，各自寻找生路。昭木多战役结束后，清军大获全胜，俘虏了三千多名准噶尔战俘，缴获了六万多头牛马牲畜，极大地削弱了噶尔丹的实力。 噶尔丹一路逃窜，一直逃到塔密尔河。在逃亡过程中，他的属下四处打探消息，不断有散兵游勇与其会合，沿途收容溃散的准噶尔士兵，经过一番努力，终于拼凑了五千多人的力量。但此时的噶尔丹军队已是强弩之末，士气低落，战斗力大不如前。此后，噶尔丹召开了一次重要的会议，与部下商讨前途。会上，众人意见不一，有人建议劫掠喀尔喀人，以获取物资补充；还有人建议前往哈密，寻找新的生存之地。噶尔丹内心倾向于前往哈密，但他的侄子丹津鄂卜木却坚决主张进入俄罗斯境内，劫掠布里亚特蒙古人。噶尔丹深知与俄国交恶的后果，严厉地斥责了丹津鄂卜木的提议，导致丹津鄂卜木心生不满，带着一千多人偷偷潜逃，前去投奔策妄阿拉布坦。丹津鄂卜木的离去，让噶尔丹更加形单影只，势力也愈发衰弱。 当年秋天，康熙帝再次向噶尔丹发出劝降的建议，希望他能够认清形势，放下武器投降。然而，噶尔丹性格倔强，不甘心失败，拒绝了康熙帝的要求，依旧妄图负隅顽抗。他率众前往杭爱山以西的科布多地区，并且心灰意冷地要求属下自行散去，让他们通过捕鱼打猎维持生活。
康熙帝见噶尔丹冥顽不灵，决心彻底解决这个隐患。他在科布多通往青海、西藏的交通要道上布满了严密的兵力，防止噶尔丹南逃，同时致信准噶尔汗策妄阿拉布坦，向他表明清朝的立场，要求若是噶尔丹逃至准噶尔，则必须将其或杀或擒，移交给清朝。对于青海和硕特部、以及哈密地区的统治者，清朝也发去了同样的要求，并严厉警告他们，若收容噶尔丹，则清朝将对之宣战，绝不姑息。在这种严密的军事封锁和强大的政治压力下，噶尔丹陷入了绝境，走投无路。他既无法得到外部的有效支援，内部又人心惶惶，最终在 1697 年三月十三日，在绝望中服毒身亡。他的遗体被随行的喇嘛火化，骨灰交给了策妄阿拉布坦。在康熙帝的强大压力下，策妄阿拉布坦被迫将叔父的骨灰交给清朝。康熙帝下令将其骨灰挂在北京城墙示众，随后锉骨扬灰，以此来彰显清朝的威严和对噶尔丹的彻底胜利，一代准噶尔雄主的最后踪迹自此消失在人间，曾经辉煌一时的准噶尔汗国也在清朝的持续打击下走向衰落。
噶尔丹死后的半个世纪里，准噶尔帝国与清帝国之间的矛盾并未彻底消除，双方仍然多次发生冲突。1716 年，策妄阿拉布坦突然发动进攻，将西藏纳入准噶尔版图，这一举动引起了清朝的强烈反应。四年后，清朝军队大举进藏，经过艰苦的战斗，成功将西藏重新纳入清帝国版图，恢复了对西藏的统治。
1724 年，青海和硕特部领袖罗布藏丹津与清朝发生冲突，企图摆脱清朝的控制。清朝迅速出兵平叛，经过一系列军事行动，青海也被并入清帝国，清朝进一步加强了对西北地区的统治。1727 年策妄阿拉布坦去世，其儿子噶尔丹策凌继任准噶尔汗。噶尔丹策凌继承了父亲的野心和对抗清朝的立场，随后与清朝爆发全面战争。双方在边境地区展开了多次激烈的战斗，互有胜负，战争陷入胶着状态。1734 年，经过长时间的战争消耗，双方都意识到继续战争下去对彼此都不利，于是清朝与准噶尔媾和，双方划定边界，实现了暂时休战。在这次和谈中，阿尔泰山以东的科布多地区和北方的唐努乌梁海并入清朝版图，清朝的疆域得到了进一步的扩大。 1755 年，准噶尔内部再次发生内乱，辉特部首领阿睦尔撒纳因不满现状，投奔清朝。乾隆帝见机行事，封阿睦尔撒纳为双亲王，企图利用他来分化准噶尔势力。阿睦尔撒纳随后带领清军打入准噶尔，凭借对当地地形和部落情况的熟悉，迅速攻占了首都伊犁，准噶尔汗达瓦齐被俘。乾隆帝见准噶尔内乱，认为有机可乘，下令解散准噶尔中央政权，试图恢复六十年以前的卫拉特四部，以此来削弱准噶尔的整体实力，加强清朝对准噶尔地区的控制。然而，阿睦尔撒纳原本就觊觎准噶尔汗位，乾隆帝的这一举措引起了他的极大不满。于是，在 1757 年，阿睦尔撒纳起兵叛清，企图夺取准噶尔的统治权。但此时清朝在西北地区已经建立了较为稳固的军事统治，并且在当地得到了部分蒙古部落的支持。阿睦尔撒纳的叛乱并未得到广泛响应，反而因部队中爆发天花而遭受重创，战斗力急剧下降。阿睦尔撒纳在清军的追击下，先是逃往哈萨克，随后又流亡俄国。但他最终也未能逃脱命运的安排，因染上天花而病死在俄国。在清政府的坚决要求下，俄国人将他的尸体运到恰克图，交给中国。清政府对其进行焚尸扬灰，以泄心头之恨。随着阿睦尔撒纳的叛乱被平定，准噶尔本部从此也被并入清帝国版图，成为今日的新疆地区，清朝的统一多民族国家得到了进一步的巩固和发展。 回顾这段波澜壮阔的历史，准噶尔汗国的蒙古人最终未能战胜满人皇帝，原因是多方面的。在政治上，清朝建立了高度集权的封建君主专制制度，拥有完善的官僚体系和政治管理机制，能够有效地组织和调配全国的人力、物力资源，确保国家在战争时期能够保持高度的统一和强大的战斗力。
相比之下，准噶尔汗国虽然在噶尔丹的努力下实现了一定程度的政权统一，但部落联盟的传统依然根深蒂固，内部权力结构相对松散，各部落之间存在着明显的利益分歧和独立性。在面对外部压力和内部困境时，这种政治体制难以迅速有效地做出决策和应对，容易出现内部矛盾激化和分裂的情况，例如策妄阿拉布坦的叛离就是一个典型的例子，严重削弱了准噶尔汗国的整体实力。 在军事方面，清朝拥有庞大而多样化的军事体系。满洲八旗兵在骑射技艺上传承已久，具有强大的战斗力和机动性；汉军绿营则在火器装备和军事技术上不断发展，掌握了较为先进的火炮、火枪制造和使用技术，能够在战争中发挥重要的火力优势。此外，清朝还能够动员包括蒙古八旗等在内的众多军事力量，兵力规模远远超过准噶尔汗国。而且，清朝在后勤保障方面具有丰富的经验和强大的能力，能够支持长时间、远距离的军事作战，确保军队在战争过程中的物资供应和装备补充。而准噶尔汗国的军事力量主要以骑兵为主，虽然在骑兵作战方面具有一定的优势和经验，但人口基数较小导致兵源不足，在长期的战争消耗中难以维持大规模的军事行动。同时，其在火器发展和后勤保障方面相对滞后，无法与清朝相抗衡。 经济基础也是影响双方实力对比的重要因素。准噶尔汗国地处中亚草原地区，经济结构以游牧业为主，畜牧业是其主要的经济支柱。虽然在控制部分地区后，农业和商业有了一定程度的发展，但整体经济结构仍然较为单一，对自然灾害的抵御能力较弱。在战争期间，经济容易受到破坏，难以提供持续稳定的财政支持来维持军事开支和社会稳定。而清朝统治的中原地区是传统的农业文明中心，拥有发达的农业、手工业和商业。丰富的物产和繁荣的经济为清朝提供了充足的财政收入，能够支持大规模的军事建设和战争消耗。
清朝在与周边国家和地区的贸易往来中也占据着重要地位，通过贸易获得了大量的物资和资金支持，进一步增强了其经济实力和战争潜力。 宗教文化因素在双方的斗争中也起到了不可忽视的作用。黄教在蒙古地区的广泛传播对准噶尔汗国和喀尔喀蒙古等都产生了深刻的影响。五世达赖喇嘛在蒙古事务中具有一定的影响力，噶尔丹的行动在一定程度上受到西藏宗教势力的支持和影响。清朝巧妙地利用了宗教因素，通过尊崇喇嘛教、加强对宗教事务的管理和控制，赢得了部分蒙古部落的宗教认同和支持，从而加强了对蒙古地区的精神统治和政治控制。在文化方面，清朝在统治过程中积极推行汉化政策，同时也注重尊重和吸收蒙古等民族的文化，促进了多元文化的融合与交流。这种文化政策有助于增强民族之间的凝聚力和认同感，巩固清朝的统治基础。而准噶尔汗国在文化建设方面相对薄弱，未能形成强大的文化凝聚力来团结各部落，在与清朝的文化竞争中处于劣势。 外部势力的影响也在一定程度上左右了双方的斗争局势。俄国在这一时期对蒙古地区怀有野心，试图利用蒙古地区的动荡局势扩大自身的势力范围。喀尔喀蒙古部分部落曾因战争等原因与俄国有所接触，但清朝在与俄国的外交和军事博弈中占据了主动地位。通过签订《尼布楚条约》等一系列外交手段，清朝有效地限制了俄国对准噶尔汗国的支持和干涉，使准噶尔汗国在外部援助方面受到极大的限制，陷入孤立无援的境地。
综上所述，准噶尔汗国的蒙古人在与满人皇帝的长期对抗中，尽管在某些方面具有一定的优势和实力，但由于自身政治体制的局限、经济基础的薄弱、内部凝聚力的不足以及外部环境的不利等多方面因素的综合作用，最终难以与清朝相抗衡。清朝凭借其强大的综合国力、灵活的政治策略、先进的军事技术和丰富的战争经验，逐步削弱并最终征服了准噶尔汗国，实现了对广大蒙古地区的有效统治，奠定了中国近代多民族国家的疆域基础。这场持续近百年的较量，不仅是两个政权之间的军事对抗，更是不同政治、经济、文化体系之间的激烈碰撞和深刻较量，对中亚和东亚的历史发展产生了深远的影响，成为世界历史长河中一段值得深入研究和反思的重要篇章。
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